腎臓内科では、蛋白尿などの検尿異常から末期腎不全に至るまでの慢性腎臓病（ＣＫＤ）の管理を中心として腎疾患全般に対応しています。末期腎不全に進行した症例には血液透析、腹膜透析、腎移植について説明した上で治療方針を選択します。当院では血液透析のみを行い、腹膜透析や腎移植は熊本大学病院、熊本赤十字病院などの他院と連携しています。
透析室では、血液透析導入、他科入院中の透析者への対応、急性腎不全に対する緊急透析を含めた血液透析（ＨＤ）、血液濾過透析（ＨＤＦ）を行っています。その他にも体外循環を用いた治療手技として血漿交換、末梢血幹細胞移植の幹細胞採取や腹水濾過濃縮再静注療法(ＣＡＲＴ)などの各種治療を施行しています。